郑芝龙出生在福建泉州南安府石井镇，父亲做过泉州库吏，其母亲家族则有经商的背景。
十七八岁时前往澳门投奔了舅父黄程，跟随舅父学习经商。
在澳门这个中西合璧的地方，郑芝龙不仅学习了经商技巧，而且还学会了葡萄牙语，加入了基督教。
这对日后他与西方人打交道起到了重要作用。
当时的澳门，是东亚贸易的集散地。
郑芝龙的舅父黄程便是一个经营中日贸易的大商人。
后来，郑芝龙押运其舅父的一笔货物，搭乘旅日大商人李旦的船只前往日本，由于熟知葡萄牙语，天启四年被李旦派往荷兰人那里从事翻译，获得了李旦的赏识。
天启五年，李旦死了，郑芝龙继承了李旦财产和地盘，一跃成为东南沿海的头号大海盗。
郑芝龙野心勃勃，不再愿意仅仅做一个依附于荷兰人，他要直接控制中日贸易。
这就需要获得大陆的贸易基地。
郑芝龙提出招安，被拒绝后，向沿海地区发动了猛烈的进攻。
天启五年，郑芝龙向厦门发动进攻，大败官军，一度占领厦门。
天启六年，郑芝龙再次进攻漳浦，官军根本无力抗衡。
明军作战之后，郑芝龙往往胜而不追，俘获明军将领后不仅不杀，反而变成朋友。
明军打又打不过，只得招安。
朝廷坚决要求解除郑芝龙武装，郑芝龙坚决不同意，双方无法妥协，谈判最终破裂。
郑芝龙初崛起时，只有数十条船，天启六年有了一百二十条船，天启七年猛增到七百条船。
明朝以允许贸易为诱饵，让荷兰出兵，帮助剿灭郑芝龙。
战役的结果是荷兰舰队遭到了郑芝龙的沉重打击。
郑芝龙对荷兰船展开报复，只要荷兰船一露面，就会被捕获。
在这样的情况下，福建地方政府与郑芝龙讨价还价的筹码完全丧失，只好接受郑芝龙的请求，允许郑芝龙投降，并且依赖郑芝龙的力量，剿灭海盗，确保东南沿海地区安全。
不久，郑芝龙与明朝水师联合，歼灭了活跃在广东和福建的李魁奇、钟斌、刘香等海盗集团。
郑芝龙从此成功洗白，可以合法获得中日贸易需要的产品，而不必再通过其他的中间人，这使他在与荷兰的贸易竞争中取得了优势。
朝廷派孙传庭总督福建，听说还要大量移民开发东番岛，这使郑芝龙嗅到了强烈的危机。
欢迎宴上姗姗来迟，这是硬的一手，目的是给孙传庭一个下马威。
精心挑选一份礼物送上，这是软的一手，目的是表达与孙传庭合作的诚意。
你当你的官，我发我的财，井水不犯河水，大家都是好朋友。
孙传庭对郑芝龙的意图心知肚明，他收下了郑芝龙的礼物。
郑芝龙异常高兴。
孙传庭却说道：＂无功不受禄，这么贵重的礼物，我不能白要。郑将军说说，这本经书破费了多少两银子？＂
郑芝龙说道：＂总督大人说到银子，就太生分了。这部经书是家祖母传下来，请总督大人代老太太笑纳。“
孙传庭根本无法拒绝，只好说道：＂盛情难却，我就代家母收下来了。＂
郑芝龙十分欣喜，说道＂正该如此。＂
孙传庭又说道：＂我是个穷官，家无余财，也拿不出很多银子送你。＂
说着从怀中掏出一锭金子放在桌上，又问曹文诏和曹变蛟，＂你们有银子吗？先借给我，等我发了俸禄了还你们。＂
曹文诏和曹变蛟浑身摸遍了，也只凑了十几两碎银子。
郑芝龙没料到孙传庭唱这么一出，尴尬得无地自容。
他从桌子上拈了一块碎银子，揣入怀中，笑道：＂福建何等有福，等来了孙总督这么清廉的好官。＂
出了巡抚衙门，郑芝豹说道：＂这个姓孙的很不识抬举，故意寒碜碜哥哥。＂
郑芝龙喝道：＂闭嘴！＂
郑芝龙想破脑袋，要和孙传庭搞好关系，三番两次求到熊文灿门下，要熊文灿帮忙疏通。
熊文灿道:"孙传庭不贪财，不好色，不爱虚名，不是一个用小恩小惠就可以买通的人。孙传庭只知道埋头做事，性格又刚强无比，不避贵戚，在陕西压秦王一头，在山西压代王、晋王一头，榆林将门，宣大将门无不被他治得服服贴了，是出了名的铁腕人物，与卢象昇一道，同为皇上左膀右臂。朝廷这一次派孙传庭督闽，可见对闽省的重视。我劝你收敛些。"
郑芝龙不甘心，通过熊文灿求见孙传庭，提出给孙传庭在福州建一座总督府。
孙传庭说道：＂不必了。朝廷命我将总督府建到东番岛上。＂
郑芝龙故作惊诧，＂东蕃岛偏僻荒凉，总督大人怎么住得习惯？＂
孙传庭：＂我到福建是来做事的，又不是来享福的，有什么住不惯的？＂
郑芝龙不软不硬碰了一个钉子，讪讪道：＂总督大人有什么吩咐，尽管开口，芝龙莫不从命。＂
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