12月8日，朝鲜军北门大将元斗杓率领敢死队出战，取得胜利，斩首清军6人，稳定了朝鲜军心。
清军入朝，军纪极坏。大军所到之处，一切都被抢掠一空，左右房屋及家具都被焚烧。朝鲜百姓死者在山野道路到处皆是。
后续的5000名清军轻骑兵一路攻击前进，击败黄州朝鲜军，随后大败朝鲜援军1.5万人。于正月初七日抵达南汉山城外围困住朝鲜国王。
八旗军击灭朝鲜水师屠杀海滩难民
另一方面，朝鲜宫嫔们则逃难到甲串津滩头，但无船可渡，连续两昼夜停留岸边，上下皆又冷又饿，浑身乏力。而其他逃难士民不知有多少，滩头到处都是苦等船只的人群。哀求哭泣只求一船。不多时，大队马群奔跑踏地之声传来，恐怖感降临在滩头人群心头。清军骑兵终于赶到滩头，一转眼，滩头顿成人间地狱，铁蹄残踏，刀砍，矛刺。逃难人群或被八旗军抢掠为奴，或被杀死，或投海自尽。
朝鲜三道水师没有一人赴难，皆不敢与清军交战。只有忠清水使姜晋昕星夜驰援。率领百余艘战船与清军水师80余船交战，清军施放大炮，姜晋昕座船被大炮命中数十处，他本人已被数支利箭射中。最后朝鲜水师兵败，全军皆散。
清军对朝鲜国王藏匿处南汉山城围而不攻，立长栅困之，把主要精力放在击败朝鲜援军上。
朝鲜主力4万大军全灭，两大兵使阵亡
虽然朝鲜八道援军紧急增援，但于战事却作用不大。朝鲜南兵使徐佑申来援，大军在铁岭击败一支清军蒙古部队，朝鲜军大喜，立刻追击。进入山间后遭遇蒙古军伏击，一时间万箭齐发，这支朝鲜援军几乎全被杀光。平安监司洪某和使兵使柳琳的援军也在金化遭遇清军。柳琳和李一元都是朝鲜名将，部下装备大量仿制的日本铁炮(火绳枪)，是朝鲜军队最强的铁炮部队。副元帅申景瑷，江原监司赵廷虎等人所率领的部队也号称精锐，但都未能成功，俱被清军击退。
最终朝鲜左兵使许完等带领朝鲜军主力4万人增援而来，朝鲜精锐火枪手刀手皆到阵，布设营地。正月初三日，八旗军首先抢攻，一举冲破朝鲜军木栅，朝鲜军不战自溃，后朝鲜军火药发生自爆，军中大扰。八旗军更是左右冲突，远射近刺，朝鲜两大兵使全都战死阵中。
清军重炮部队抵达朝鲜国王青衣请罪
眼看各路援军都被清军击败，朝鲜国王李倧困守南汉山城。城中朝鲜军可以看到，清军押解大批被俘朝鲜军民男女北上，被俘人众皆不敢大声哭喊，只是暗泣垂泪，有跑出队列者，清军即纵马追击以铁鞭击打，惨不忍见。
正月初七日，孔有德等人率领的清军汉人红衣大炮部队抵达南汉山城外，准备对该城城墙进行炮击。
本来朝鲜国王将王妃王子们和重要大臣的妻子们都送去了江华岛避难，但是没想到。清军渡海攻克了江华岛，俘虏王妃王子和宗室成员76人。
1637年正月三十日，鉴于援军已绝，清军重炮部队抵达城外，王妃王子都已被俘。朝鲜国李倧只好率领群臣出南汉山城，徒步前往汉江东岸的三田浦清营拜见皇太极，青衣伏地请罪。皇太极降旨赦之。后举行受降仪式，确立清朝和朝鲜的“君臣之盟”。朝鲜建立“大清皇帝功德碑”(即三田渡碑)。该碑也被视为朝鲜民族最大的耻辱。
大清皇帝功德碑由满蒙汉三种文字写成：大淸崇德元年冬十有二月 宽温仁圣皇帝 以坏和自我 始赫然怒 以武临之 直捣而东 莫敢有抗者…大兵薄城 如霜风之卷秋萚 炉火燎鸿毛 而皇帝以不杀为武 惟布德是先 乃降敕谕之曰 来 朕全尔 否 屠之。………汉水上流三田渡之南 即皇帝驻跸之所也 坛场在焉 我寡君爰命水部 就坛所增而高大之 又伐石以碑之 垂诸永久 以彰夫皇帝之功之德 直与造化而同流也 岂特我小邦 世世而永赖 抑亦大朝之仁声武谊无远 不服者 未始不基于兹也 顾搴天地之大 画日月之明 不足以仿佛其万一 谨载其大略。
清军劫掠至少数十万朝鲜男女民众为奴
签约后，皇太极下令撤军归国，朝鲜国王李倧出城十里跪送。清军在包围南汉山城的一个月时间里，基本上大部分军队都处于无所事事的状态，于是开始以抓捕逃人为名。四处抢劫财物，没有财物就直接抓捕人口为奴。当清军撤军时，大路上到处是满载财物的清军。而被抢掠的朝鲜人，则以数百人为一队，一二清军在后面跟随看押，队伍终日不止。光被俘虏到沈阳一带为奴的朝鲜男女就有60万之多，这还没有计算被送往蒙古为奴者。清军可以说已将朝鲜官宦富人家庭太太小姐30万人全部洗劫一空，押回东北后，再根据家庭出身，公开出售，出身王族的公主价格最高。
清军在沈阳城门外设立奴隶交易市场，每日都有被俘男女数万人于城门外拍卖交易，此时被俘男女或是子母相逢，或是兄弟相见，相持号哭，哭声震动天地。清军开出价码赎人，根据身份从25两白银到1500两白银都有。但终因朝鲜遭此大难，国破民穷，朝鲜上下筹措金钱物品，历时多年才赎回20万女性，其余无力赎回的女性，则被八旗披甲士兵几经倒卖，有的卖到关内，有的卖到蒙古，有的殉葬祭天祭祖，有的卖为妓女。被俘朝鲜男性则阉割后，充当私奴交给汉军披甲指挥耕地。最后滞留在中国的大多数朝鲜男女俘虏都终身为奴死在异域。
不堪侮辱逃回朝鲜男女又被送回清军大营
在长期给八旗披甲为奴的生活中，有些士大夫家庭出身的被抢掠朝鲜妇女不堪侮辱，逃出主家，潜回朝鲜境内。1637年5月，清军再次警告朝鲜，要求其迅速把逃回朝鲜的男人和女人送回清国。在清军的一再施压下，朝鲜还是将数百名逃回朝鲜的朝鲜男女送回清国，接受主家的惩罚。以上就是朝鲜着名的丙子之乱，对朝鲜半岛造成的破坏甚至远远大于历时数年的抗倭战争。
战后，朝鲜王国专门建立迎恩门以迎接清朝敕使，在1637年至1881年之间，朝鲜先后161次接待清朝敕使。朝鲜则每年四次向清朝进贡(1644年后改为每年一次)，直到甲午战争清军战败之后，迎恩门被拆毁。
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