义民陆正先不忍看大英雄就此离世，跟着跳进湖中施救。
这一救，使阎应元正好落在随后杀来的刘良佐之手。刘良佐（祖国永远不缺狗汉奸！）与阎应元有旧，见了阎应元，跳了起来，两手拍着阎应元的肩膀大哭。阎应元瞪眼喝道：“别猫哭耗子假慈悲了！事已至此，我只有一死而已，动手吧！”
博洛坐在县署，急索阎应元。刘良佐将阎应元带到堂上，让他跪拜。阎应元挺立不屈，背向博洛，骂不绝口。一名清军士卒为在主子面前表功，刷地朝阎应元的膝头捅出一枪，阎应元闷哼了一声，扑倒在地。
日暮，阎应元被捆绑丢到栖霞庵。当晚，庵里的和尚夜只听到阎应元连呼“速杀我”三字，不绝于口，半夜，声寂然。天明，阎应元的尸体已经僵硬。阎应元的家丁还残存有十余人，全因不降而惨遭杀戮，尸体都堆放在一起。先前跳入湖中救阎应元的陆正先也一同殉难。
有一个叫维新上人的人，在围城正紧之时曾与阎应元晓夜论事，阎应元写有《和众乘城略》交他保存，维新上人将之转交给黄子心，黄子心旁征博引，写成了《阎公死守孤城状》。
副城主陈明遇关闭衙门，亲自点火，烧死全家男女大小共四十三人，自己持刀到兵备道前下马与清兵肉搏，身负重创，握刀僵立在墙壁上，至死不倒。
训导冯厚敦，身着大明朝官服自缢于明伦堂，其妻其姐均投井而死。
中书戚勋、诸生许用，把门关上，自焚。
第二天，清军在城中展开大屠杀，而百姓依旧不屈不挠地与清军展开巷战。清兵防不胜防，只好四下放火。老百姓慷慨赴死，均以先死为幸，无一人出降。
清军故意打开东门，声称走东门者不杀，东门却看不到一个老百姓的身影。清军又声称十三岁以下的童子不杀。但城中的男女老少仍旧陆续投水、蹈火、自刎、自缢，视死如归。
一时间，内外城河、绊河、孙郎中池、玉带河、通塔奄河、裹教场河处处填满了尸体，重重叠，堆积起好几重。其中有四眼井，里面的尸体就有二百多具。有女子自尽前作遗诗：
腐胬白骨满疆场，万死孤城未肯降。
寄语路人休掩鼻，活人不及死人香。
二十三日，眼看满城百姓都已经死光了，清兵这才封刀。
午后，清军出榜安民。城中的人已所剩无几。幸存者，止得躲在寺观塔上的和尚五十三人。
这场战役，守城八十一天，城里死了九万七千余人，城外死了七万五千余人。
江阴以弹丸之地，一城之民，力挠清军二十四万人长达八十一天，可谓坚硬不屈、斗志勃勃，气贯山河，昭着青史！
为我们生于这个民族而骄傲！
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